استاد خلباني هواپيماي جت فالکن و بوئينگ-747، معاون عمليات آشيانه جمهوري اسلامي ايران و مدير آموزش ترابري معاونت عمليات ستاد نيروي هوايي از جمله سمت‌هايي بوده است که محمدجعفر خانجاني بر عهده داشته است. او اول خلبان اف-27 يا «فرندشيپ» بود. بعدها استاد خلبان سي-130 يا هرکولس شد. مدتي طولاني هم با بوئينگ-747 پرواز کرد و همزمان با دو هواپيماي جت سبک با نام‌هاي «جت استار» و «جت فالکن» نيز مي‌پريد. خانجاني اگرچه هنوز توانايي پرواز را داشت، ولي بالاخره بعد از 33 سال خدمت و 6400 ساعت پرواز با انواع هواپيماهاي نيروي هوايي، در سال 1379 با درجه سرهنگي به افتخار بازنشستگي نائل آمد.

خاطره کوتاه او از سال‌هاي جنگ تحميلي را از زبان خودش بخوانيد: هفته بسيج يکي از سال‌هاي جنگ تحميلي بود. حضرت آيت‌ا... العظمي خامنه‌اي مقام معظم رهبري، آن زمان رئيس جمهور بودند. قرار بود به شهرهاي مختلفي سفر کنند. افتخار خلباني يکي از پروازها بر عهده من گذاشته شد. سخنراني رياست جمهوري در يزد خاتمه يافت و قرار شد ايشان را به اصفهان ببريم.

مسئول هماهنگي‌ها از من پرسيد: «چقدر سوخت داريد؟» گفتم: «براي يک ساعت». گفت: «تا اصفهان 20 دقيقه راه است. نياز به سوختگيري نيست.» شرايط طوري بود که به ظاهر اطاعت کردم اما تا او رفت، به مسئول سوخت هواپيما با انگشت اشاره کردم براي سه ساعت پرواز سوخت بزنند.

نزديک اصفهان بوديم که خبر دادند وضعيت قرمز است و هواپيماهاي «ميگ‌» عراقي در حال بمباران شهر و فرودگاه هستند. به سرعت از منطقه خطر دور شده و در فاصله 120 کيلومتري شرق فرودگاه اصفهان و در ارتفاع پست يک ساعت و نيم دور زدم تا وضعيت سفيد اعلام شد. آن امير مسئول که با گذر زمان به شدت نگران شده بود، آمد سراغم و پرسيد: «چقدر سوخت داريد؟» گفتم: «براي يک ساعت و نيم ديگر.» با تعجب گفت: «از کجا آورديد؟» ماجرا را برايش توضيح داده و گفتم: «من طبق مقررات عمل کردم.» اينجا بود که آفرين گفت و تشويقم کرد.