در اردیبهشت 58 بزرگ ترین جنگ داخلی ایران بعد از انقلاب در نقده بین حزب دموکرات کردستان و دستجات ترک حامی انقلاب رخ داد. دکتر صادق زیباکلام می گوید او و دکتر چمران دنبال این بودند که این داستان بخوابد و برای همین همراه یک هیئت بلندپایه ای از تهران به مهاباد می رود. اقتصاد نیوز مشروح گفتگویی را با زیبا کلام منتشر کرده که او در این گفتگو از جمله به احتمال اعدامش توسط آیت ا... خلخالی اشاره می کند که این بخش را در ادامه می خوانید:

من با این اتفاق که به دست خلخالی اعدام شوم تار مویی فاصله نداشتم. آقای خلخالی شهریور 58 یک دفعه و ناگهانی به مهاباد آمد حال آنکه من حضور او را در کردستان ممنوع کرده بودم. این خیلی جای تأمل داشت که یک جوان 30 ساله کاری کند خلخالی نتواند به کردستان بیاید چون خلخالی جز مصیبت هیچ کار دیگری در کردستان انجام نداد. آنطور که خلخالی می خواست کردستان را نگه دارد شاه نگه داشته بود پس ما چه فرقی با شاه داشتیم؟ معتقدم بودم اسلحه باید از کردستان بیرون برود و فرهنگ باید جایش بیاید. در آن اوضاع یک دفعه خلخالی به مهاباد آمد و در بدو ورود، سه نفر را به جرم همجنس بازی، چند نفر را به جرم مواد مخدر و چند نفر را به جرم همکاری با خلق کُرد اعدام کرد.

من اصلاً شوکه شده بودم چراکه این همه کار کردم خلخالی به کردستان نیاید، چطور او بلند شد به مهاباد آمد و در بدو ورودش هم ده نفر را اعدام کرد. من در اتاق سرهنگ آذری فرمانده پادگان تخت داشتم و زندگی می کردم و اصلاً با سپاه کاری نداشتم. یکی از مواردی که به خلخالی گفته بودند این بود که زیباکلام از عمد به پادگان رفته تا از آمار نظامی اطلاع پیدا کند و آن آمار را به گروه کومله و حزب دموکرات بدهد در حالی که من فرق تفنگ و فشنگ را نمی دانستم چه رسد به اینکه بخواهم آمار نظامی در بیاورم. آن روز خلخالی وارد دفتر فرمانده پادگان شد، من، سرهنگ آذری و خلخالی به همراه ده نفر از تفنگچی هایش که صورت هایشان را بسته بودند در اتاق بودیم. خطاب به من شروع به صحبت کرد و من نمی دانستم در حال محاکمه شدن هستم؛ خلخالی به تفنگچی های خود گفت «بروید پرونده زیباکلام را بیاورید». پیش خودم گفتم «من نماینده تام الاختیار نخست وزیر هستم و می روم تهران گزارش می دهم؛ چه پرونده ای؟». یک پوشه قرمز رنگ آوردند و به دستش دادند، مطمئن هستم که آن پوشه قلابی بود. خلخالی شروع به ورق زدن برگه های داخل پوشه کرد و می گفت «عجب». در واقع می خواست بگوید زیباکلام چه کارهایی کردی. یک دفعه پرونده را بست به این معنا که محرز و مسلم است که زیباکلام بخاطر کارهایش باید اعدام شود. یکی از مسائلی که بعدها به من گفتند این بود که متهم بودم خانه های امن سپاه را به کومله گزارش می دادم. در حالی که خود سپاه می دانست اگر هم می خواستم چنین کاری کنم نمی توانستم چون با آنها ارتباطی نداشتم. همان لحظه ای که خلخالی پرونده را بست بیسیم پادگان پیج کرد و سرهنگ آذری فرمانده پادگان گوشی را برداشت و گفت بله، حاج آقا اینجا تشریف دارند. بیسیم را پیش آقای خلخالی بردند و دیگر نمی دانم آنطرف چه کسی بود. خلخالی در جواب او گفت «بله بله الان حرکت کردم». گوشی بیسیم را سرجایش گذاشت، بلند شد و همراه ده تفنگچی اش سوار هلیکوپتر شد و رفت. وقتی دو هلیکوپتر حامل خلخالی و همراهان او از زمین بلند شدند، هنوز نمی دانستم چه بلایی قرار بود به سرم بیاید و چطور بغل به بغل رد کردم. جالب است سرهنگ آذری هم نمی دانست با من چه کار کند. البته من فوق العاده ترسیدم اما هرچه بیشتر می گذشت بیشتر متوجه قضیه می شدم چون خلخالی بقیه افرادی را هم که اعدام کرد محاکمه شان همینطوری بود. کافی بود به دلش بیافتد که طرف مجرم است، تمام بود، به همین راحتی طرف را اعدام می کرد. فکر می کنم اگر در آن لحظه بیسیم به صدا در نیامده بود خلخالی حکم اعدام من را می داد و سریع هم در حیاط پادگان اجرا می کرد. فردایش هم روزنامه ها می نوشتند نماینده نخست وزیر در امور کردستان به جرم همکاری با حزب دموکرات کردستان اعدام شد و خلخالی هم کلی احساس غرور و بزرگی می کرد.