وطن امروز روز چهارشنبه هفته گذشته منتشر نشد. سه شنبه شب مدیران این روزنامه در مطلبی جهت‌دار نوشتند که بخاطر فشار یکی از نهادها روز چهارشنبه منتشر نخواهد شد. برخی گفتند این نهاد شورایعالی امنیت ملی است که بارها بخاطر مطالب خلاف امنیت ملی از این روزنامه شکایت کرده بود، اما خبرگزاری ایلنا نوشت واقعیت این بود که بدهکاری این روزنامه به یک نهاد خیریه‌ای عمومی و غیر دولتی مانع انتشار وطن امروز شده بود و علیرغم ادعای این روزنامه مبنی بر «مانع‌تراشی دولت محترم بر سر راه رسانه‌های منتقد»، برای قهرمان‌سازی خود و تلقین این موضوع که این روزنامه بخاطر انتقادهایش منتشر نشده است، باید گفت که عدم انتشار آن، هیچ ارتباطی به دولت نداشته است.

ظاهراً از سال ۸۷ تا ۹۰ این روزنامه در دفتر روزنامه ایران منتشر می‌شده است، در سال ۸۸ نیز ستادهای تبلیغاتی احمدی‌نژاد وطن امروز را در شمارگان وسیع و به‌صورت رایگان بین مردم توزیع می‌کردند. مهرداد بذرپاش مدیر این روزنامه که در دولت قبل مدیر سایپا شده بود، در انتخابات مجلس دهم از راهیابی به پارلمان بازماند و از لحاظ منابع مالی با مشکل مواجه شد.

با این حال روزنامه وطن امروز در جوابیه‌ای که منتشر کرده است، بدهی و همکاری با روزنامه ایران را تأیید کرده است و تأکید کرده در یک بازه زمانی، چاپ، فروش و آگهی‌های روزنامه وطن امروز توسط مؤسسه ایران انجام شده است.

از سویی دیگر در جوابیه وطن امروز آمده است که سازمان اوقاف مالک ساختمان روزنامه وطن امروز بوده و بخاطر اختلاف در رقم اجاره بها، اموال این روزنامه را به خیابان ریخته است.

این روزنامه چندبار هم از سوی قوه قضائیه، هیئت منصفه مطبوعات و هیئت نظارت برمطبوعات اخطار گرفته است.

اما وطن امروز در شماره روز پنج شنبه خود در این باره نوشت که تمام اتفاقات عجیب چند روز اخیر، با انگیزه‌های سیاسی صورت گرفته و از قرار، روزنامه وطن امروز مشغول پرداخت هزینه انتقاد از دولت به‌خصوص پرداختن به موضوع فیش‌های نجومی است.